水上鄉媽祖廟供奉的媽祖，乃是湄洲顏思齊先生於民國前二百餘年前，由湄洲 二媽金身敦請而來。 相傳顏氏在水上地區，召集民眾廣釋媽祖神通廣大，凡先民搭 船度台僅憑其香火符佑皆能安抵台灣。有鑑於此，顏氏更將二媽金身隨船度台建駐 笨港（北港），居於水上三界埔埔尾寮，開墾荒地及打獵過著原始生活，進而指導 附近村民生產與治安。當時水堀頭街（今之水上）一居民欽羨之至，乃由數位地方 士紳商議，在本地籌建媽祖廟。隨由頂過溝劉有功先生捐獻廟地一甲五分餘，水堀 頭街等二十八庄募捐現款開始設計建廟。
